Филодинамическая характеристика гена LMP-1 вируса Эпштейна-Барр, изолированного на территории Нижегородской области

Аннотация:

Вирус Эпштейна-Барр (ВЭБ) относится к числу самых распространённых герпесвирусов и обладает выраженным генетическим полиморфизмом. Изучение филодинамических характеристик вируса является важным аспектом исследования эволюционных изменений гена LMP-1 и их последствий. Цель — филодинамический анализ нижегородских изолятов ВЭБ на основе С-концевого фрагмента гена LMP-1. В исследование были включены 158 изолятов ВЭБ, полученных из лейкоцитов крови и слюны детей 1-17 лет с диагнозом «инфекционный мононуклеоз, вызванный ВЭБ» (n = 68) и условно здоровых детей сопоставимого пола и возраста (n = 29). Геноварианты LMP-1 были получены с помощью метода секвенирования по Сэнгеру. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей проводили в программе «MEGA X», филодинамический анализ полученных нуклеотидных последовательностей и изолятов, депонированных в GenBank, — в пакете программ «BEAST v. 1.10.4», рекомбинационный анализ — в программе «Simplot». В результате получены и депонированы в базу данных GenBank 158 нуклеотидных последовательностей С-концевого фрагмента гена LMP-1 нижегородских изолятов ВЭБ. Установлено время циркуляции ближайшего общего предка для модифицированных геновариантов В95-8 с мутациями G212S + E328Q + S366T и NC с заменой D250N, датируемое 1994 и 1923 гг. Скорость эволюции данных геновариантов была наиболее высокой и составила 1,298 х 10-4 и 7,868 х 10-4 нуклеотидных замен/сайт/год. Выявлены рекомбинации в нижегородских последовательностях Med-, В95-8, China 1 с мутациями G212S, G212S, E214Q соответственно. Заключение. Впервые дана филодинамическая характеристика нижегородских изолятов и геновариантов LMP-1 ВЭБ, изолированных в разных регионах мира. Полученные данные расширяют существующие представления о циркуляции геновариантов LMP-1 ВЭБ на территории европейской части России.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2023
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2023.-N 5.-С.369-379. Библ. 30 назв.
Просмотров: 18