Генетическая структура и лекарственная устойчивость популяции Mycobacterium tuberculosis в Кемеровской области — Кузбассе

Аннотация:

В Кемеровской области — Кузбассе сохраняется сложная эпидемиологическая ситуация по туберкулёзу (ТБ) с уровнями заболеваемости, превышающими среднероссийский уровень. Эпидемический процесс ТБ в значительной степени определяется циркулирующими вариантами Mycobacterium tuberculosis. Скрининг эпидемически значимых вариантов возбудителя на территориях с высоким бременем ТБ лежит в основе эпидемиологической диагностики и необходим для разработки эффективных мер профилактики, однако популяционная структура М. tuberculosis в Кемеровской области — Кузбассе мало изучена. Цель исследования: изучить генетический полиморфизм и фенотипическую устойчивость к противотуберкулёзным препаратам штаммов М. tuberculosis в Кемеровской области — Кузбассе. Проведено MIRU-VNTR-генотипирование 163 изолятов М. tuberculosis, выделенных от больных ТБ жителей Кемеровской области в марте-октябре 2022 г. Культивирование М. tuberculosis, определение лекарственной чувствительности, выделение геномной ДНК осуществляли стандартными методами. Генотипическую идентификацию проводили с помощью 24 локусного MIRU-VNTR-типирования. Параллельно проведено экспресс-генотипирование: выявление изолятов генотипа Beijing (по RD105/207) и non-Beijing; субтипирование Beijing в полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ) на выявление Central Asian Russian и B0/W148; идентификацию группы non-Beijing — ПЦР-РВ-тестами на LAM, S, Ural. В результате установлено доминирование изолятов группы Beijing (67,5%) как среди впервые выявленных (64,4%), так и среди ранее леченных больных ТБ (88,5%). MIRU-VNTR-типирование обнаружило 75 профилей, из них 94-32 (35,3%) и 100-32 (15,7%) были самыми многочисленными и принадлежали генотипу Beijing. В целом 39,9 и 20,9% изолятов отнесено к эпидемическим кластерам Beijing Central Asian Russian и B0/W148 соответственно, которые значимо отличались по уровням множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) — 50,8 и 85,3% соответственно (р - 0,005). Вторыми по распространённости были штаммы генетического семейства евро-американской линии (31,9%): LAM (6,7%), Ural (7,4%), Haarlem (4,9%) и L4-unclassified (12,9%). МЛУ среди этих минорных генотипов была значительно ниже, чем среди Beijing, и составляла 11,5% (р < 0,001). Штаммы от больных ТБ с ВИЧ-инфекцией (56,4% общей выборки) чаще имели МЛУ-профиль (54,8%), чем в случаях ТБ без ВИЧ-инфекции (35,2%; р = 0,005), что может быть связано с более высокими уровнями Beijing в группе больных ТБ с ВИЧ-инфекцией (75,0% против 57,7%; р = 0,026). Показана полная сопоставимость разработанных нами тестов однонуклеотидного полиморфизма для выявления основных генотипов и эпидемически значимых субтипов Beijijng, позволивших охарактеризовать 75,5% выборки экспресс-методом. Заключение. Молекулярно-генетический скрининг в Кемеровской области выявил гетерогенность популяции М. tuberculosis, в которой доминировали штаммы генотипа Beijing, по частоте субтипов, сравнимой с другими территориями Сибирского федерального округа.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2023
Объем: 14с.
Дополнительная информация: 2023.-N 6.-С.428-441. Библ. 33 назв.
Просмотров: 12