Особенности микробиома кишечника при некротизирующим энтероколите у недоношенных новорожденных и доношенных новорожденных с врожденными пороками сердца по данным метагеномного секвенирования

Аннотация:

Некротизирующий энтероколит (НЭК) - тяжелое заболевание, поражающее преимущественно недоношенных детей с массой тела при рождении <1500 г. Риск развития НЭК имеют также новорожденные с дуктус-зависимыми врожденными пороками сердца (ВПС), что связано с нарушением мезентериальной перфузии и гипоксемией. Цель. Выявить особенности состава кишечного микробиома у недоношенных новорожденных, а также доношенных новорожденных с дуктус-зависимыми ВПС в зависимости от развития НЭК. Выполнено проспективное наблюдение новорожденных и ретроспективный анализ состава кишечного микробиома в зависимости от развития НЭК по принципу «случай-контроль» в соотношении 1:1. У новорожденных с НЭК исследовались образцы, собранные при развитии НЭК (±2 дня), у пациентов без НЭК - в сутки жизни, соответствующие срокам дебюта заболевания новорожденных с НЭК (±3 дня) с сопоставлением по гестационному возрасту. Исследование состава микробиома выполнено у 31 недоношенного новорожденного с НЭК IB-Ill стадии (подгруппа N1 с ранним началом НЭК (1-7-е сутки жизни) (n = 19); подгруппа N2 с поздним началом НЭК (1334-е сутки жизни) (n = 12)), а также у 31 недоношенного новорожденного без НЭК (подгруппа С1 новорожденных без НЭК, взятие образцов на 2-7-е сутки жизни (n = 19), подгруппа С2 новорожденных без НЭК, взятие образцов на 11-36-е сутки жизни (n = 12)). Анализ состава микробиома также был выполнен у 14 доношенных новорожденных с дуктус-зависимыми ВПС, у которых развился НЭК (группа Н1), и 14 доношенных новорожденных с дуктус-зависимыми ВПС без НЭК (группа Н2). Образцы кала собирали из памперса в стерильные пробирки и хранили при -40°С. Анализ состава кишечного микробиома проводился при помощи секвенирования участка гена 16S рРНК с помощью Illumina MiSeq. В результате стадии НЭК недоношенных новорожденных: IB - 5 детей, НА - 19, ИВ - 4, III - 3. Стадии НЭК у новорожденных с дуктус-зависимыми ВПС: IB - 3 детей; НА - 11. Статистически значимых различий по индексу альфа-разнообразия Шеннона между группами (N1 и С1, N2 и С2, Н1 и Н2) не выявлено. У новорожденных, получавших антибактериальную терапию (АБТ) при взятии образца, отличалось бета-разнообразие (PERMANOVA F-value: 24,534; R-squared: 0,21997; р = 0,001) и наблюдалось более высокое альфа-разнообразие микробиома (индекс Шеннона: 2,0 (0,8-2,8) vs. 1,2 (0,8-1,5), р = 0,004), в первую очередь за счет представителей условно-патогенной флоры. Анализ состава микрофлоры кишечника не выявил бактерий, наличие/отсутствие либо изменение представленности которых могло бы быть интерпретировано как универсальный маркер развития НЭК, однако выявлен ряд особенностей. Среди новорожденных из «ранних» групп (N1 и С1) в качестве доминирующих родов чаще выступали Staphylococcus, Serratia, Corynebacterium. При раннем начале НЭК (N1) отмечалось количественное (%) снижение представленности Enterococcus, Lacticaseibacillus, Clostridium, Fusobacterium, Limosilactobacillus, Agrococcus, Alkalibacterium, Ancrocorticia Blautia, Brachybacterium, Brevibacterium, Carnobacterium, Citricoccus, Flaviflexus, Garicola, Lactococcus, Microbacterium, Phocaeicoia, Propionimicrobium, Ruoffia, Stenotrophomonas по сравнению с подгруппой C1. В образцах кала недоношен ных новорожденных с поздним началом НЭК (N2) отмечена более низкая представленность Bifidobacterium (р = 0,027) и Streptococcus (р = 0,037), чем в подгруппе сравнения (С2). При позднем начале НЭК (N2) отмечена значимо большая доля Enterococcus, чем при раннем начале (N1) (7,83% (0,09-46,15) vs. 0% (0-0,18) соответственно, р = 0,0004), между подгруппами сравнения (С2 и С1) различий не выявлено. У недоношенных новорожденных с более длительным течением НЭК (n = 16, энтеральная пауза 20 (16-27) суток) в сравнении с детьми с менее длительным течением (энтеральная пауза 10 (9,5-11) суток) на момент дебюта заболевания выявлен ряд патобионтов/патогенов: Alkalibacterium, Brevibacterium, Flaviflexus и Ruoffia (Facklamia). У доношенных новорожденных с дуктус-зависимыми ВПС и НЭК (Н1) отмечалась более высокая представленность Staphylococcus (р = 0,029), Serratia (р = 0,011; ОШ = 14 (ДИ 95% 1,43137,3)), Pelomonas (Roseateles) (р = 0,017), Methylobacterium (р = 0,017) и Nitrincola (р = 0,017), чем у новорожденных с ВПС без НЭК (Н2). Заключение. Дисбиоз кишечника может выступать в качестве предрасполагающего фона для развития НЭК, но не его основной причины. Развитие дисбиоза на фоне АБТ не является фактором, достаточным для развития НЭК; существенную роль играют состояние здоровья матери, особенности внутриутробного развития плода и раннего постнатального периода. Ранняя коррекция дисбиоза на фоне назначения АБТ оправдана как подход к предупреждению развития НЭК. В качестве потенциальных микробиом-модулирующих агентов у новорожденных следует рассматривать пробиотики, пребиотики, метабиотики/постбиотики, живые биотерапевтические продукты и фаги.

Авторы:

Издание: Вопросы практической педиатрии
Год издания: 2023
Объем: 16с.
Дополнительная информация: 2023.-N 6.-С.68-83. Библ. 61 назв.
Просмотров: 13