Схема мультилокусного секвенирования-типирования для характеристики Borrelia miyamotoi — возбудителей безэритемной формы иксодового клещевого боррелиоза

Аннотация:

Введение. Borrelia miyamotoi — возбудитель безэритемной формы иксодового клещевого боррелиоза (ИКБ-БМ) — широко распространённого в России заболевания. B настоящее время не существует об щепринятых методик для внутривидовой характеристики В. miyamotoi. Схема мультилокусного секвенирования-типирования (МЛСТ) боррелий изначально была разработана для В. burgdorferi и не обладае необходимой дискриминирующей способностью для мониторинга возбудителей ИКБ-БМ. Цель работы — разработка и апробация схемы МЛСТ В. miyamotoi. Материалы и методы. Выбор фрагментов для МЛСТ основан на полногеномных последовательностях 10 референсных штаммов (GenBank). Схему МЛСТ разработали в соответствии с принципами, опубликованными авторами метода. Для апробации схемы МЛСТ использовали 81 биологический образец, содержащий ДНК В. miyamotoi. Результаты. После анализа геномных данных выбрали 8 фрагментов генов, для которых провели дизайн праймеровдля ПЦР и секвенирования. Фрагменты генов представлены несколькими аллелями (от4до7), которые образуют 15 сиквенс-типов, на основании анализа которых охарактеризовали генетическое разнообразие возбудителей, выделенных от больных ИКБ-БМ и от переносчиков. Обсуждение. Ha основании количества несовпадений в аллельных профилях сиквенс-типы могут быть классифицированы на 4 группы. Первым двум соответствуют клональные комплексы, две другие образованы однократно выявленными сиквенс-типами. Первый клональный комплекс (I) объединяет 11 сиквенс-типов (80 или 88% охарактеризованных В. miyamotoi), второй (II) — 2 сиквенс-типа (9 или 9,8%). Выраженные генетические отличия В. miyamotoi связаны с источниками штаммов и биологических образцов. Предложенная на основании МЛСТ классификация подтверждает продемонстрированную ранее генетическую гетерогенность популяций В. miyamotoi, обусловленную экологически не связанными переносчиками возбудителей ИКБ-БМ. Заключение. Предложенная схема МЛСТ является удобным инструментом для мониторинга возбудителей ИКБ-БМ, выделенных из разных источников, и для характеристики эволюционных изменений в определённых клональных комплексах.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2024
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2024.-N 1.-С.80-88. Библ. 15 назв.
Просмотров: 13