Разработка набора реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 методом обратной транскрипции полимеразной цепной реакции в реальном времени

Аннотация:

При отсутствии средств профилактики и лечения новых и вновь возникающих вирусных инфекций приоритетным направлением борьбы с распространением заболевания становится разработка средств раннего выявления и идентификации возбудителя. Цель исследования - разработка и апробация набора реагентов для выявления РНК вируса SARS-CoV-2 на основе обратной транскрипции полимеразной цепной реакции в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ). В работе использованы 2 штамма вируса SARS-CoV-2, 1 штамм вируса MERSCoV, 4 штамма вируса гриппа А, по 1 штамму респираторно-синцитиального вируса, Haemophilus influenza type В, Human respirovirus 1, Rhinovirus и 3 штамма коронавирусов человека hCoV-229E, hCoV-ОC43, hCoVNL63, из которых выделяли препараты нуклеиновых кислот. Нуклеотидные последовательности кДНК геномной РНК вируса SARS-CoV-2 выравнивали с помощью программы Muscle (v.3.6). Выявление видоспецифичных отличий осуществляли просмотром выравненных нуклеотидных последовательностей. Компьютерный анализ хроматограмм после секвенирования осуществляли с помощью программы Sequencher (v.4.0.5) "Gene Codes", США. Анализ последовательностей проводили при помощи программы Genome Analysis Toolkit (v.3.6) Проведена статистическая обработка результатов, рассчитывали среднюю величину и стандартное отклонение. В результате в качестве гена, на котором расположен участок гибридизации олигонуклеотидных праймеров, выбран ген ORF-1ab. Олигонуклеотидные праймеры и зонд, используемые в ПЦР, имеют специфическую область гибридизации - позиции нуклеотидных остатков 5327-5518 в составе генома вируса SARSCoV-2 в области указанного гена. Заключение. Преимущества разработанного диагностического набора по сравнению с существующими в России и за рубежом аналогами заключаются в том, что чувствительность метода ОТ-ПЦР-РВ при использовании разработанного набора составляет 1х103 ГЭ/см3, и это позволяет минимизировать риск получения ложноотрицательных результатов при проведении исследования клинических проб от людей с подозрением на COVID-19.

Авторы:

Издание: Инфекционные болезни. Новости. Лечение. Обучение.
Год издания: 2023
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2023.-N 4.-С.25-32. Библ. 13 назв.
Просмотров: 7