ВЛИЯНИЕ НУКЛЕОТИДНОГО КОНТЕКСТА НА ПРОТЕКАНИЕ НЕСПЕЦИФИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИИ ДНК ПОД ДЕЙСТВИЕМ ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ BST ЕХО

Аннотация:

В последние годы всё большее распространение приобретают методы амплификации нуклеиновых кислот, протекающие в изотермическом режиме и требующие использования ДНК-полимераз с цепь-вытесняющей активностью. Среди таковых наиболее популярной является полимераза Bst exo-, однако она склонна вести неспецифический синтез ДНК посредством мультимеризации. В данной работе показано влияние нуклеотидной последовательности на прочность связывания Bst exo- с ДНК и на эффективность запуска мультимеризации. На моделях одноцепочечных тринуклеотидов (sst) и динуклеотидных дуплексов (dst) методом молекулярного докинга выявлена предпочтительность связывания «закрытой» формы Bst exo- с пурин-богатыми последовательностями, особенно содержащими dG на 3'-конце растущей цепи. Данные, полученные in silico, подтверждены в экспериментах с использованием олигонуклеотидных матриц, различающихся структурой 3'- и 3'-концевых мотивов. Показано, что матрицы с олигопуриновым 3'-концевым фрагментом и олигопиримидиновой 5'-концевой частью способствуют более раннему запуску мультимеризации. Полученные данные могут быть использованы на этапе выбора оптимальных нуклеотидных последовательностей для изотермической амплификации, обеспечивающих получение более достоверных результатов. Так, для исключения мультимеризации следует избегать ДНК-матриц и праймеров, содержащих концевые нуклеотиды dA и/или dG.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2024
Объем: 13с.
Дополнительная информация: 2024.-N 1.-С.61-73. Библ. 28 назв.
Просмотров: 3