Филогенетическое типирование штаммов Francisella tularensis subsp. holarctica, выделенных на территории Российской Федерации

Аннотация:

Цель исследования. Филогенетическое типирование штаммов F. tularensis subsp. holarctica, выделенных на территории Российской Федерации в период 1966—2023 гг. Материал и методы. В работе использовали нуклеотидные последовательности геномов 36 штаммов, выделенных на территории Российской Федерации. В филогенетический анализ включены также геномы 27 штаммов, полученных из базы данных NCBI. На основе выявленных в геноме F. tularensis 6626 единичных нуклеотидных замен (SNPs) построена дендрограмма родственных связей исследуемых штаммов. Результаты. Анализ данных полногеномного секвенирования штаммов F. tularensis subsp. holarctica, выделенных на территории Российской Федерации с 1966 по 2023 г., показал, что эритромицин-чувствительные штаммы, выделенные на территориях Алтая в 2011 г. и Хабаровского края в 1975 г., принадлежат к основной филогенетической группе В.4. Эритромицин-чувствительные штаммы F. tularensis subsp. holarctica, выделенные на территориях Ростовской области в 1996 г. и Хабаровского края в 1966 г., принадлежат к основной филогенетической группе В.6, подгруппе В.7. Исследованные эритромицин-устойчивые штаммы F. tularensis subsp. holarctica принадлежат к группе В.12, подгруппам В.26-В.20, В.26-В.23 и В.27. На территории Ростовской области кроме эритромицин-чувствительных циркулируют штаммы возбудителя туляремии, относящиеся к подгруппам В.26-В.20 и В.27, которые распространены и на территории Донецкой Народной Республики. Эритромицин-устойчивые штаммы F. tularensis subsp. holarctica, выделенные на территории Ханты-Мансийского автономного округа в 2013 г. и содержащие разное количество тандемных повторов локуса М-3, принадлежат к разным линиям подгруппы В.26. Штаммы из Калмыкии, выделенные в 1987 г., относятся к подгруппе В.26 (В.23). Заключение. Определена принадлежность штаммов F. tularensis subsp. holarctica, выделенных на территории России, к трем основным филогенетическим группам — В.4, В.6 и В.12. Показано генетическое разнообразие штаммов возбудителя туляремии, а также циркуляция нескольких генотипов на одной территории в течение длительного времени.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2024
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2024.-N 2.-С.16-24. Библ. 18 назв.
Просмотров: 1