Подбор и анализ стабильности генов "домашнего хозяйства" для транскриптомных исследований у Danio rerio (Zebrafish) на ранних стадиях развития

Аннотация:

Рыбки Danio rerio (D. rerio) являются одним из перспективных объектов для моделирования патологических состояний. Большое количество таких работ при этом проводится на транскриптомном уровне. Для транскриптомных исследований необходимо использование стабильных генов «домашнего хозяйства» (ГДХ), поэтому нами был проведен отбор кандидатных ГДХ и анализ их стабильности у рыб D. rerio в нормальных условиях. Материал и методы. Работа проводилась с использованием рыб D. rerio линии АВ, эмбрионы которых отбирались на трех временных точках: стадия вылупления (2 дня после фертилизапии, дпф), ранние стадии малька (5 дпф и 9 дпф). Анализ уровней экспрессии ГДХ проводился с использованием ПЦР в реальном времени. Дальнейший анализ полученных результатов Ct проводился в программе RefFinder. Результаты. Для оценки изменения экспрессии генов на различных стадиях развития D. rerio подходят разные ГДХ. При проведении оценки изменения экспрессии генов на стадии вылупления (2 дпф) оптимальной парой ГДХ является: aars1 и polr2f, для ранней стадии малька (5 дпф) — aars1 и psmd6, а для 9 дпф — bcat2 и actb1. При проведении транскриптомных исследований сразу на нескольких стадиях развития необходимо использовать единую подобранную пару ГДХ для всех исследуемых стадий развития рыб: aarsl и Ism12b. Заключение. Согласно полученным данным, для всех изученных нами ранних стадий развития D. rerio наиболее стабильными ГДХ являются aarsl и Ism12b. При этом нами впервые было показано, что самым стабильным ГДХ для ранних стадий развития является aars1. Вторым по стабильности ГДХ является Ism12b. Полученные нами данные о стабильности гена Ism12b согласуются с ранее опубликованными данными.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2024
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2024.-N 2.-С.32-38. Библ. 21 назв.
Просмотров: 2