Геномное разнообразие и анализ детерминант резистентности Salmonella enterica подвид enterica серовар Kentucky, изолированных в России

Аннотация:

Salmonella Kentucky сиквенс-типа ST198 относится к одному из эпидемиологически значимых клонов нетифоидных сальмонелл во всём мире и характеризуется наличием высокорезистентных штаммов, а также возможностью адаптации к различным животным-хозяевам и условиям окружающей среды. Цель работы — исследование штаммов S. Kentucky, выделенных из различных источников на территории России, в аспекте их филогенетического положения в масштабах глобального разнообразия патогена и определение их генетических особенностей. Материалы и методы. Методом полногеномного секвенирования исследовано 55 штаммов S. Kentucky, которые были изолированы в 2010-2022 гг. из различных источников (клинические штаммы, пищевые продукты, а также от животных, кормов и объектов окружающей среды). Полногеномное секвенирование проводили с использованием платформ «Illumina». Филогенетический анализ на основе анализа нуклеотидных вариаций, дополнительно включал 390 штаммов S. Kentucky. Результаты. Большая часть российских штаммов (п=50) относилась к ST198, 4 штамма — к ST314, 1 штамм — к ST152. Из 50 российских штаммов ST198 44 принадлежали к международной монофилитической MDR-линии S. Kentucky ST198 и относились к 4 отдельным сублиниям, 6 штаммов занимали базальное положение по отношению к MDR-линии. Всего было выявлено 320 генов и мутаций, ответственных за резистентность к противомикробным препаратам. Наиболее часто встречались точечные мутации в области QRDR. В большинстве случаев для российских штаммов было характерно присутствие вариантов геномного острова SGI1-K. При этом гипотетическая структура SGI1 соотносилась с филогенетической кластеризацией сублиний S. Kentucky. Выводы. Результаты исследования позволили оценить популяционную структуру российских штаммов S. Kentucky ST198 в мировом масштабе и определить генетические детерминанты антибиотикорезистентности, включая структуру геномного острова SGI1.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2024
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2024.-N 3.-С.303-314. Библ. 42 назв.
Просмотров: 3