Разработка методики молекулярного типирования штаммов Bacillus anthracis с использованием новых VNTR- и INDEL-маркеров

Аннотация:

Bacillus anthracis — возбудитель особо опасного зооноза сибирской язвы — отличается высокой генетической однородностью, что вызывает необходимость совершенствования методов генотипирования. Целями исследования были поиск, описание VNTR- и INDEL-локусов В. anthracis и разработка на их основе методики генотипирования посредством полимеразной цепной реакции (ПЦР) с электрофоретической детекцией результатов. Материалы и методы. Поиск VNTR- и INDEL-маркеров и филогенетический анализ выполняли на выбороке из 388 геномов штаммов В. anthracis: 322 из GenBank (RefSeq) и 66 — из коллекции Ставропольского противочумного института. Филогенетический анализ проводили на основе SNP корового выравнивания с помощью программы «Раrsnр». Поиск маркеров осуществляли с использованием программы «Mauve» и авторских скриптов на языке Python. ПЦР выполняли с помощью набора «ScreenMix-HS». Результаты. Найдены геномные вариации штаммов В. anthracis (SNP — 25 664, SNR — 14 387, VNTR — 693, INDEL — 14 667), биоинформатический анализ которых позволил выявить 9 новых VNTR и 6 INDEL молекулярных маркеров, наиболее подходящих для генотипирования. Описаны генетические (аллельные) варианты маркеров. Для найденных маркеров подобраны праймеры и разработан протокол ПЦР с детекцией методом электрофореза в агарозном геле. В результате кластеризации при типировании с использованием VNTR-маркеров штаммы разделялись на 9 кластеров: A.Br.Ames, А.Вг.001/002, A.Br.Aust94, A.Br.005/006, A.Br.008/009 (Tsiankovskii), А.Вг.008/009 (STI), А.Вг.008/009 (А.Вг.125), А.Вг.008/009 (штамм 228/269), В.Вг.001/002. При типировании с применением INDEL-маркеров штаммы разделялись на 6 кластеров: A.Br.Ames, A.Br.001/002, A.Br.Aust94, A.Br.008/009 (Tsiankovskii), В.Вг.001/002(В.Вг.014), а также кластер, включающий представителей нескольких генетических групп: A.Br.008/009 (STI), А.Вг.008/009 (А.Вг.125), А.Вг.005/006 и В.Вг.001/002. Заключение. Использование разработанной методики идентификации вариабельных VNTR- и INDEL-локусов позволяет достоверно определять филогенетическое положение штаммов В. anthracis и перспективно для применения в процессе эпидемиологического расследования вспышек сибирской язвы.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2024
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2024.-N 3.-С.362-371. Библ. 20 назв.
Просмотров: 2