Геномный надзор за SARS-CoV-2 в Российской Федерации: возможности платформы VGARus

Аннотация:

В ответ на пандемию COVID-19 в России были приняты комплексные меры реагирования. Одной из них стала разработка платформы агрегации вирусных геномов (VGARus) для мониторинга изменчивости вируса. Цель работы — описать роль VGARus в отслеживании генетических изменений SARS-CoV-2. Материалы и методы. Выравнивание вирусных геномов, последующую трансляцию в аминокислоты и поиск мутаций производили с помощью программы NextClade. С целью анализа геномной изменчивости подсчитывали число аминокислотных изменений относительно референсной последовательности. Результаты. Анализ данных VGARus позволил идентифицировать новые варианты вируса, что способствовало улучшению диагностических тестов и может помочь в разработке вакцин. Платформа предоставила возможность прогнозировать эпидемиологические тенденции и оперативно реагировать на изменения эпидемиологической ситуации. Например, с использованием VGARus был точно предсказан рост заболеваемости COVID-19 летом 2022 г. и в начале 2023 г., связанный с появлением субвариантов Omicron ВА.5 и ХВВ. Данные платформы помогают проверять эффективность праймеров и ДНК-зондов, что обеспечивает высокую точность диагностики и снижает риск ложноотрицательных результатов. Заключение. VGARus демонстрирует растущую роль геномного эпиднадзора в борьбе с COVID-19 и повышение готовности к будущим вспышкам инфекционных заболеваний. Платформа является мощным инструментом для формирования научно обоснованных решений по борьбе с пандемией и смягчению её последствий для здоровья населения, экономики и общества. Она предоставляет возможность оперативно получать информацию об эпидемиологической обстановке в конкретном регионе России, использовать геномные данные для проведения филогенетического анализа, сравнивать мутационный спектр последовательностей SARS-CoV-2 с зарубежными образцами. Данные VGARus позволяют проводить ретроспективный анализ и выдвигать гипотезы прогностического характера. Так, явно можно увидеть динамику смены различных вариантов вируса: последовательности, принадлежащие линиям Alpha, Beta, Delta, Omicron и многим менее распространённым, отчётливо формируют подъёмы заболеваемости, которые отражаются на эпидемиологической ситуации. В данный момент платформа расширяется для мониторинга изменчивости других патогенов, что увеличивает её значимость для общественного здравоохранения.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2024
Объем: 13с.
Дополнительная информация: 2024.-N 4.-С.435-447. Библ. 32 назв.
Просмотров: 1