СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ РЕЗУЛЬТАТОВ ТИПИРОВАНИЯ HLA-ГЕНОВ МЕТОДОМ NGS С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ РАЗЛИЧНЫХ ПЛАТФОРМ

Аннотация:

Секвенирование нового поколения (next generation sequencing, NGS), позволяющее проводить массовое HLA-типирование на уровне от высокого до аллельного разрешения, быстро завоевало позицию наиболее распространенного и максимально информативного метода определения генов главного комплекса гистосовместимости (HLA-генов). Метод характеризуется сочетанием экономической и технологической эффективности. HLA-типирование методом NGS выполняется с помощью специальных платформ (генетических секвенаторов). Наиболее распространенной платформой является MiSeq (Illumina, США). В настоящее время техническое обслуживание этого прибора затруднено, что вызвало необходимость поиска аналогов, не уступающих по производительности и качеству HLA-типирования. Целью нашего исследования являлся сравнительный анализ результатов HLA-типирования методом NGS с использованием платформ MiSeq (Illumina, США) и FastaSeq 300 (GeneMind, Китай). В исследование включены образцы ДНК, выделенные из ядросодержащих клеток периферической крови доноров, вступивших в Федеральный регистр доноров гемопоэтических стволовых клеток (ГСК): 12 образцов получены и проанализированы в ФГБУ РосНИИГТ ФМБА России и 24 образца — в ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России. HLA-типирование всех образцов выполнено дважды: с использованием секвенатора MiSeq и секвенатора FastaSeq 300. Результаты HLA-типирования 12 образцов из ФГБУ РосНИИГТ ФМБА России, полученные на двух платформах, совпали. Аллель гена DRB1 одного из образцов представлен в виде группы Р при применении MiSeq, но группы G в случае FastaSeq 300. Результаты HLA-типирования 24 образцов из ФГБУ «НМИЦ гематологии» Минздрава России, полученные на двух платформах, также совпали. Однако для 10 образцов наблюдались различия в уровне разрешения HLA-типирования. Более высокий уровень разрешения при применении MiSeq получен для генов: В —2 случая; С, DRB3, DRB4 — по 3 случая. При использовании FastaSeq 300 более высокий уровень разрешения имел место несколько чаще и установлен для генов: DRB1 — 4, DQB1 — 7, DPA1 — 10 случаев. Различия в уровне разрешения HLA-типирования некоторых образцов не являются критическими, так как в настоящее время для подбора пары донор-реципиент ГСК используются результаты высокоразрешающего типирования. Полученные данные свидетельствуют о возможности эффективного использования секвенатора FastaSeq 300 для HLA-типирования. Целесообразно провести аналогичный анализ на основе обследования пациентов с различными нозологическими формами заболеваний, лечение которых требует проведения аллогенной трансплантации ГСК.

Авторы:

Издание: Медицинская иммунология
Год издания: 2024
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2024.-N 4.-С.717-726. Библ. 5 назв.
Просмотров: 2