MVLST-анализ штаммов Bacillus anthracis эволюционной линии В

Аннотация:

Сибирская язва — особо опасная инфекция, вызываемая спорообразующей бактерией Bacillus anthracis, патогенность которой обеспечивается плазмидами рХО1 и рХО2, несущими гены синтеза токсина и капсулы. Генетически вид В. anthracis разделяется на три эволюционные линии: А, В и С. Линия А представлена множеством canSNP-групп и распространена по всему миру. Линия В разделена на три группы: B.Br.CNEVA (Центральная Европа), B.Br.Kruger (Южная Африка) и В.Вг.001/002 (Южная Африка, Корея, США, Евразия, а большая часть ареала расположена на территории России). Цель работы — сравнительный wgSNP-анализ и мультилокусное сиквенс-типирование по генам вирулентности (MVLST) репрезентативной выборки штаммов В. anthracis эволюционной линии В. Материал и методы. Исследованы 55 штаммов В. anthracis линии В, выделенных на территории РФ, СССР и других государств. Для штаммов из ГКПМ-Оболенск проведено полногеномное секвенирование на платформе DNBSEQ-G400. Сборки геномов, множественные выравнивания и филогенетический анализ осуществляли в программах UGENE, MEGA 7.0 и PHYLOViZ 2.0. MVLST-анализ проводили по схемам MVLSTpXO1 и MVLSTpXO2. Идентификацию коровых SNP и визуализацию филогенетического дерева при wgSNP-анализе проводили в Snippy v. 4.6.0 и SplitsTree4 v. 4.19.2. Результаты. MVLST-анализ выявил описанные ранее и новые сиквенс-типы (аллели отдельных генов) и генотипы (комбинации аллелей). Обнаружены генетические маркеры в генах главных факторов патогенности В. anthracis, позволяющие установить филогенетическое положение и вероятный регион происхождения штамма. Показано генетическое родство северо-евразийских и сибирских штаммов группы В.Вг.001/002 с восточно-европейским кластером штаммов группы B.Br.CNEVA. Заключение. Описание филогеографической структуры эволюционной линии В В. anthracis выявило генетическое родство кластеров штаммов групп В.Вг.001/002 и B.Br.CNEVA и эволюционную связь этих групп с гипотетическим предковым генотипом В. anthracis линии В, что выглядит довольно интригующе.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2024
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2024.-N 3.-С.12-21. Библ. 43 назв.
Просмотров: 1