МЕТАГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ КАЗЕОЗНОГО СОДЕРЖИМОГО ТУБЕРКУЛЁЗНЫХ ОЧАГОВ

Аннотация:

Микробиота глубоких отделов лёгких значимо отличается от сообщества микроорганизмов верхних дыхательных путей гораздо более низкой биомассой и динамическим разнообразием. Ранее нами обнаружено резкое снижение биоразнообразия сателлитной микробиоты внутри туберкулёзного очага по отношению к интактным тканям лёгкого. Полученные данные позволили нам разделить сообщества микроорганизмов в казеозном некрозе туберкулём на два типа: (i)—микобактериальная казеома (туберкулёма), в которой 70% и более геномов соответствует микобактериям туберкулёза; (ii) — полимикробное сообщество, в котором концентрация микобактерий туберкулёза варьирует от 0 до 10%. Метагеномным секвенированием методом shotgun исследовано 14 туберкулём от 13 больных на платформе NextSeq 550 (Illumina). Таксономическая классификация коротких прочтений выполнена с использованием Kraken 2. Полученные результаты свидетельствуют, что в среднем 99.95% коротких прочтений относились к ДНК человека или были не классифицированы. Однако классифицированные прочтения, относящиеся к геномам бактерий, подтвердили концепцию о наличии в значительном числе случаев туберкулём с преобладанием полимикробного сообщества, заменившего или дополнившего исходную микобактериальную микрофлору казеума.

Авторы:

Издание: Бюллетень экспериментальной биологии и медицины
Год издания: 2024
Объем: 5с.
Дополнительная информация: 2024.-N 11.-С.569-573. Библ. 14 назв.
Просмотров: 9