МЕТОД EMSA—SELEX—SEQ ДЛЯ АНАЛИЗА ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ САЙТОВ СВЯЗЫВАНИЯ В КОМПЛЕКСАХ ДНК-БЕЛОК

Аннотация:

Белок ВОВ1 (OBF1, ОСА-В) представляет собой траскрипционный коактиватор двух POU-доменных белков: экспресирующегося во всех клетках ОСТ1 и лимфоид-специфического ОСТ2. Взаимодействие ВОВ1 с ОСТ1/2 играет важную роль в регуляции иммунных ответов как в физиологическом, так и в патологическом контексте. Известно, что ВОВ1 образует тройной комплекс с ОСТ1/2 связанных с ДНК в мономерных и определенных димерных конфигурациях, меняя сиквенс-специфичность такого связывания. Для анализа последовательностей ДНК из этих комплексов в настоящей работе нами предложен метод EMSA-SELEX-seq, основанный на разделении ОСТ/ВОВ1 комплексов различного состава в неденатурирующем полиакриламидном геле (EMSA) с последующим выделением и амплификациией содержащихся в них олигонуклотидов (SELEX). На основании нескольких раундов такого обогащения с последующим NGS-секвенированием и биоинформатическим анализом были определены ДНК-последовательности и подтверждена релевантность данного подхода. Таким образом, предложенный метод EMSA-SELEX-seq позволяет проводить анализ последовательностей ДНК в сложных ДНК-белковых комплексах с различающейся мерностью его белковых компонентов.

Авторы:

Издание: Цитология
Год издания: 2024
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2024.-N 3.-С.253-258. Библ. 15 назв.
Просмотров: 2