АДАПТАЦИЯ ПРОТОКОЛА АВТОМАТИЧЕСКОГО ТВЕРДОФАЗНОГО ФОСФИТАМИДНОГО СИНТЕЗАОЛИГОДЕЗОКСИРИБОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ ИХ N-НЕЗАМЕЩЕННЫХ АМИДОФОСФАТНЫХ АНАЛОГОВ (P-NH2)1

Аннотация:

Предложен новый подход к автоматизированному синтезу N-незамещенных амидофосфатных олигодезоксирибонуклеотидов (P-NH2), основанный на оптимизированном протоколе твердофазного фосфитамидного синтеза с использованием реакции Штаудингера. Показано быстрое и эффективное окисление модельных Р(111)-содержащих фосфиттриэфиров органическим азидом - (9-флуоренил)-метоксикарбонилазидом (FmocN3) - до соответствующих фосфамидов ОPO(OR)(NFmoc) - где R - остатки нуклеозидной или алкильной природы. Удаление щелочелабильной флуоронильной группы с модифицированного межнуклеозидного звена позволяет получать в цепи олигонуклеотида электронейтральные (при физиологических условиях pH ~ 7) У-незамещенные амидофосфатные остатки (-OPO(O)(NH2)- или (P-NH2)) вместо классических отрицательно заряженных фосфодиэфиров (-OPO(O)(O )-) или (P-O)). При оптимизации синтетического протокола продемонстрировано, что для повышения эффективности синтеза Р-NН2-олигонуклеотидов (до ~80% на модифицированное звено) необходимо включение в протокол автоматического синтеза дополнительной стадии отщепления Fmoc-группы после проведения каждой стадии окисления растущей цепи олигомера по реакции Штаудингера. Показано практически полное отсутствие зависимости выхода P-NH2-олигонуклеотидов как от локализации P-NH2-звена в цепи, так и от типа модифицируемого динуклеотидного фрагмента. Получен набор моно- и бис-модифицированных октадезоксирибонуклеотидов и проведено детальное исследование термической стабильности комплементарных ДНК/ДНК-комплексов в различных буферных условиях. Показано, что в условиях высокой ионной силы раствора (1 M NaCl, pH 7.2) введение одного P-NH2-звена снижает термостабильность комплекса ДНК в среднем на 1.30C. При уменьшении ионной силы раствора дестабилизирующий эффект Р-NН2-модификации достоверно снижается, что дополнительно подтверждает электронейтральный статус вводимого амидофосфатного звена. Таким образом, нами разработан протокол получения частично модифицированных производных олигонуклеотидов, несущих незаряженные, но изоструктурные к нативным Р-О-звеньям амидофосфатные остатки P-NH2.

Авторы:

Издание: Биоорганическая химия
Год издания: 2024
Объем: 17с.
Дополнительная информация: 2024.-N 6.-С.789-805. Библ. 54 назв.
Просмотров: 1