Артефакты анализа при идентификации клеточных линий методом профилирования на основе коротких тандемных повторов

Аннотация:

Цель. Изучить и описать самые распространенные виды артефактов, которые возникают при детекции коротких тандемных повторов STR (short tandem repeat)-ампликонов методом капиллярного электрофореза и вызывают трудности в интерпретации полученных STR-профилей. Материал и методы. Клеточные линии получены из биоресурсной коллекции (БРК) клеточных линий ФГБУ "НМИЦ онкологии им. H.H. Блохина" Минздрава России. Выделение ДНК из суспензий клеток проводили по инструкциям производителей наборов DNeasy Blood & Tissue (QIAGEN, Германия) и ExtractDNA Blood & Cells (Евроген, Россия). Измерение концентрации ДНК осуществляли с помощью прибора Qubit 4.0 (Thermo Fisher Scientific, США) и набора реагентов Qubit dsDNA BR Assay Kit (Thermo Fisher Scientific, США). Мультиплексная полимеразная цепная реакция (ПЦР) была поставлена с помощью набора реактивов COrDIS "ЭКСПЕРТ26" (Гордиз, Россия). Капиллярный электрофорез продуктов ПЦР проводили на генетическом анализаторе Genetic Analyzer 3500xL (Applied Biosystems, США). Для обработки электрофореграмм использовали программу GeneMapper Software v6.0 (Thermo Fisher Scientific, США). Результаты. Изучены наиболее известные артефакты, связанные с методом STR-профилирования и последующим капиллярным электрофоретическим разделением ампликонов. Приведены случаи детектирования этих артефактов из личной практики. Даны рекомендации действий для улучшения картины электрофореза. Заключение. B работе изучены артефакты анализа при идентификации результатов STR-профилирования клеточных линий методом капиллярного электрофореза (STR-CE), с которыми исследователи сталкиваются в лабораторной практике. Подробно описаны и проиллюстрированы примерами из собственной практики распространенные виды артефактов анализа, которые вызывают трудности в интерпретации полученных при STR-профилировании результатов, а также возможные причины их появления. Приведены рекомендации по снижению количества неспецифических флуоресцентных сигналов и их интенсивности.

Авторы:

Издание: Кардиоваскулярная терапия и профилактика
Год издания: 2024
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2024.-N 11.-С.80-90. Библ. 48 назв.
Просмотров: 1