Эффективность различных VNTR локусов в MLVA25 анализе штаммов Yersinia pestis средневекового биовара из очагов Восточной Европы и Центральной Азии

Аннотация:

Метод мультилокусного анализа вариабельного числа тандемных повторов (MLVA) является одним из наиболее высокоразрешающих методов типирования генетически мономорфных возбудителей особо опасных инфекций. Высокую эффективность при анализе штаммов Yersinia pestis показал метод MLVA25 в типировании по 25 локусам VNTR, который широко применяется в молекулярно-эпидемиологических исследованиях. Однако вопрос эффективности различных VNTR локусов в MLVA25 анализе штаммов Y. pestis средневекового биовара основного подвида, распространенных в большинстве природных очагов чумы Восточной Европы и Центральной Азии, остается открытым. Цель работы — оценка эффективности различных VNTR локусов и оптимизация метода MLVA25 для дифференциации штаммов Y. pestis средневекового биовара из очагов чумы России и других стран СНГ, расположенных в Восточной Европе и Центральной Азии. Материал и методы. Проведен анализ полногеномных последовательностей 220 штаммов Y. pestis средневекового биовара основного подвида и 31 штамма Y. pestis других филогенетических линий. Последовательности VNTR локусов этих штаммов вносили в программу Bionumerics 7.6.3 для последующего филогенетического анализа методом UPCMA. Результаты и обсуждение. Определены MLVA25 генотипы 251 штамма Y. pestis, исследованного в работе. По результатам проведенного статистического анализа этих локусов у штаммов средневекового биовара обнаружено 126 индивидуальных генотипов, что соответствует дискриминационной возможности системы типирования (DP=0,98). Выявлены эффективные локусы с высокой дискриминационной способностью, оказывающие наибольшее влияние на разделение штаммов средневекового биовара по генотипам. Заключение. Оптимизирована система MLVA типирования штаммов Y. pestis средневекового биовара, в которую включено 12 VNTR локусов.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2024
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2024.-N 4.-С.18-29. Библ. 28 назв.
Просмотров: 2