ПОСТСЕЛЕКЦИОННОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ АПТАМЕРОВ: СРАВНИТЕЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ АФФИННОСТИ ДНК-АПТАМЕРОВ К РЕКОМБИНАНТНОМУ ВНЕКЛЕТОЧНОМУ ДОМЕНУ РЕЦЕПТОРА ЭПИДЕРМАЛЬНОГО ФАКТОРА РОСТА ЧЕЛОВЕКА

Аннотация:

В работе дана сравнительная оценка аффинности сконструированных ДНК-аптамеров к внеклеточному домену рецептора эпидермального фактора роста человека (EGFR*). Суммированы данные по аффинности 20 аптамеров, опубликованные ранее. Разнообразие способов селекции аптамеров и методов измерения аффинности требует унификации алгоритмов сравнения. Это необходимо и для следующего важного этапа - конструирования аптамеров для постселекционной подгонки к белку-мишени EGFR*. В данной работе сравнили аффинность ДНК-аптамеров из двух семейств, U31 и U2, полученных ранее Wu et aL из одной селекции [Wu et at (2014) PLoS One, 9, e90752], и их производных аптамерных конструкций GR20, U2s и Goll, полученных нами рациональным дизайном. Аффинность к EGFR* измеряли двумя разными методами: равновесным в растворе - поляризацией флуоресценции FAM-меченых аптамеров, и кинетическим на поверхности - интерферометрией биослоёв с иммобилизованными аптамерами. В отличие от значений равновесных констант, полученных титрованием аптамера белком и выраженных в единицах концентрации последнего, более информативным оказался анализ профилей самого титрования, а также кинетики взаимодействия, которые позволили определить влияние на аффинность даже субтильных изменений в аптамерах и их конструкциях. Сформулированы гипотезы о соотношениях «структура-функция» и механизмах узнавания. Данные, полученные для набора аптамерных конструкций, критичны для перехода к изучению взаимодействия аптамеров с мишенями рецептора эпидермального фактора роста в составе клеток.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2024
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2024.-N 12.-С.2058-2069. Библ. 33 назв.
Просмотров: 1