Определение серотипов Streptococcus pneumoniae, вызывающих инвазивные и неинвазивные формы инфекций, с использованием высокопроизводительного секвенирования

Аннотация:

Цель. Антигенная характеристика полисахарида капсулы штаммов Streptococcus pneumoniae, полученных от больных инвазивными и неинвазивными формами пневмококковой инфекции, циркулирующих на территории России, с использованием высокопроизводительного секвенирования. В исследование включено 144 инвазивных и 90 неинвазивных штаммов S. pneumoniae, изолированных в 2002-2023 гг. при проведении Многоцентрового исследования «ПеГАС». Для определения серотипов использовали ПЦР в режиме реального времени и высокопроизводительное секвенирование. ПЦР проводили с использованием методики для определения 16 серотипов. Полногеномное секвенирование осуществлялось на платформе «Illumina». Обработка результатов секвенирования производилась с помощью программных возможностей Интернет-ресурса PubMLST и программ PneumoCaT, SeroBA и PneumoKITy. В результате получены полногеномные последовательности и определены серотипы для штаммов, при этом эффективность определения серотипов программным обеспечением составила 97% (серотипы 8 штаммов определены неоднозначным образом). Спектр серотипов в группе инвазивных и неинвазивных штаммов отличался, при этом доля инвазивных штаммов, входящих в состав вакцин, была выше, чем неинвазивных. Статистически значимые различия между выборками наблюдались при сопоставлении серотипов, входящих в состав 13-, 15- и 23-валентных вакцин. Выводы. Анализ полногеномных данных позволяет получать исчерпывающую информацию о генетических и антигенных свойствах возбудителей пневмококковых инфекций. Определенный спектр серотипов возбудителей позволяет оценить эффективность применяемых вакцин и обеспечивает необходимую информацию для разработки рутинных методик серотипирования с использованием ПЦР с целью проведения микробиологического мониторинга циркулирующих возбудителей и планирования иммунопрофилактических мероприятий.

Авторы:

Издание: Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия
Год издания: 2024
Объем: 5с.
Дополнительная информация: 2024.-N 4.-С.396-400. Библ. 13 назв.
Просмотров: 0