Опыт применения метода метагеномного секвенирования по фрагментам гена 16S рРНК для детекции и идентификации возбудителей природно-очаговых инфекций

Аннотация:

Метагеномное секвенирование — один из наиболее перспективных методов как для детекции и идентификации возбудителей природно-очаговых инфекций (ПОИ), так и для определения видовой структуры различных бактериальных сообществ. Цель работы — выполнить детекцию и идентификацию возбудителей ПОИ в образцах полевого и клинического материала методом метагеномного секвенирования фрагментов гена 16S рРНК, проанализировать таксономический состав эндосимбиотических микроорганизмов в образцах. Исследованы образцы полевого (14 проб) и клинического (2 пробы) материала с различной нагрузкой ДНК возбудителей ПОИ, определённой методом полимеразной цепной реакции (Borrelia burgdorferi sensu lato, Anaplasma phagocytophilum, Francisella tularensis, Rickettsia spp., Coxiella burnetii). Амплификацию фрагментов гена, кодирующего 16S рРНК, осуществляли с помощью праймеров, фланкирующих вариабельные участки гена. В результате в 14 из 16 исследуемых образцов детектированы целевые возбудители ПОИ. До вида идентифицированы R. aeschlimannii (в 57,1% положительных образцов), В. valaisiana (в 16,6%), F. tularensis (в 75%), С. burnetii (в 100%), также в одном образце выявлены боррелии — возбудители возвратных лихорадок (В. turcica, В. hispanica). Исследована таксономическая структура микробиома клещей Ixodes ricinus, Dermacentor reticulatus, Rhipicephalus annulatus, Hyalomma aegyptium, Dermaceptor marginatus, собранных в южных регионах России. Выявлено, что преобладающие микроорганизмы — это представители родов Flavobacterium, Pseudomonas, Serratia, Aeromonas, Pedobacter, Bradyrhizobium, Shingomonas. В пулах иксодовых клещей обнаружены ДНК-маркеры микроорганизмов — эндосимбионтов клещей Candidates Midichloria mitochondrii, представителей родов Rickettsiella, Coxiella, непатогенных и условно-патогенных для человека видов родов Francisella. Заключение. Показана эффективность метода метагеномного секвенирования фрагментов гена 16S рРНК для детекции и идентификации возбудителей ПОИ в пробах клинического и полевого материала. Метагеномное секвенирование по участкам гена 16S рРНК может быть рекомендовано в качестве дополнительного метода лабораторного исследования образцов с целью детекции и идентификации возбудителей ПОИ.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2025
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2025.-N 2.-С.201-212. Библ. 42 назв.
Просмотров: 0