Филогения штаммов Yersinia pestis линии 4.ANT из Тувинского горного и сопредельных очагов чумы

Аннотация:

Тувинский горный очаг чумы (ТГОЧ) в России с момента его открытия в 1964 г. проявляет постоянную эпизоотическую активность. Штаммы Yersinia pestis, выделяемые в этом очаге, относятся к филогенетической линии 4.ANT античного биовара основного подвида. Они высоковирулентны и эпидемически значимы. Использование современных молекулярно-генетических технологий позволит определить популяционную структуру штаммов 4.ANT в ТГОЧ. Цель исследования — филогенетический и популяционный анализ штаммов Y. pestis линии 4.ANT из ТГОЧ по данным полногеномного SNP-типирования (single nucleotide polymorphism) и МLVА25-типирования (multiple locus variable number tandem repeats analysis). Материалы и методы. Использованы полногеномные нуклеотидные последовательности 68 штаммов Y. pestis, включая 60 штаммов линии 4.ANT Секвенирование штаммов проводили на платформе MGI. SNP-анализ выполняли путём выравнивания последовательностей в программе «Snippy v. 4.6» с последующим построением дендрограммы Maximum Likelihood на основе выявленных коровых SNPs в программе «SeaView». SNPs, маркерные для штаммов линии 4.ANT, выявляли при помощи программы «MEGA11». MLVA-генотипирование штаммов Y pestis линии 4.ANT проводили путём поиска локусов с последующим подсчётом количества тандемных повторов в программе «Tandem Repeats Finder». Построение MLVA-дендрограммы выполняли методом UPGMA в программе «BioNumerics v. 7.6.3». Результаты. По данным SNP-анализа штаммов Y. pestis линии 4.ANT из ТГОЧ установлено наличие 4 филогеографических групп: Т1 (Саглинский, Толайлыгский и Барлыкский мезоочаги, 1971-1987 гг), Т2 (Каргинский мезоочаг, 2014-2024 гг), ТЗ (Каргинский мезоочаг, 1977-2009 гг), Т4 (Каргинский, Толайлыгский и Боро-Шайский мезоочаги, 2006-2013 гг). Выявлены 8 MLVA-генотипов штаммов линии 4.ANT из Тувы и вариабельные VNTR-локусы: yp1290ms04, yp1935ms05, yp0559ms15, yp4042ms35, yp4425ms38, yp1108ms45, yp4280ms62, yp1580ms70. Обсуждение. Среди штаммов, взятых в анализ, наиболее ранними представителями ветви 4.ANT выступают штаммы кластера Т1 из ТГОЧ. Отдельными подветвями на дереве представлены популяция штаммов из Горного Алтая и Монголии и популяция штаммов из ТГОЧ (1977-2024 гг). Последняя популяция представлена политомией и характеризуется выраженной кластеризацией по пространственно-временному принципу. Заключение. Определено наличие 4 основных филогеографических групп в популяции 4.ANT в ТГОЧ и установлены генетические различия между ними, что может быть использовано для углублённой молекулярно-генетической дифференциации и типирования штаммов Y. pestis в этом очаге.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2025
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2025.-N 3.-С.284-295. Библ. 31 назв.
Просмотров: 1