Интегративный биоинформатический анализ для выявления «узловых» генов периферической крови и механистических сигнальных путей при постковидном синдроме

Аннотация:

Постковидный синдром (ПКC) проявляется в виде устойчивых многосистемных симптомов, возникающих после инфекции SARS-CoV-2, и до сих пор не имеет четко определенных молекулярных биомаркеров. Мы провели интегративный анализ транскриптомов периферической крови для выявления генных сетей и сигнальных путей, лежащих в основе ПКC. Пять наборов данных GEO (n=1717) были нормализованы для устранения группового эффекта (метод ComBat), дифференциально экспрессируемые гены (DEG) определялись с помощью линейных моделей для данных, полученных на микропанели (Ilog2FCI >1, FDR<0,05). Анализ представленности по GO/KEGG проводился с помощы ClusterProfiler. Визуализация сети белкового взаимодействий (PPI) выполнялась в STRING; узловые гены выделялис спомощью cytoHubba (метрики MCC, EPC, степень, близость). Регуляторные сети микроРНК-мРНК и ТФ-мРНК cтроились на основе данных miRDB, TargetScan, miRTarBase и StarBase. Различия в иммунной инфильтрации оценивались с помощью CIBERSORT Нарушения сигнальных путей оценивались методом GSEA (fgsea, Reactome). В результате было выявлено 289 DEG, ассоциированных с путями дегрануляции нейтрофилов, врожденного/приобретенного иммунитета и каскадом коагуляции. Сеть PPI (39 узлов, 50 связей) позволила выделить 7 узловых генов TLR8, FCGR2A, CXCRl, CXCR2, JUN, CXCL8 и SELPLG. Регуляторный анализ показал, что с этими генами взаимодействуют 60 микроРНК и 3 транскрипционных фактора (TФ). Анализ CIBERSORT выявил повышение уровня макрофагов M. нейтрофилов и активированных дендритных клеток при одновременном снижении уровня Т-регуляторов, CD8+ Т-лимфоцитов и макрофагов М2 у пациентов с ПКC. GSEA показал угнетение путей презентации антигена, передачи цитокиновых сигналов и каскада коагуляции. Выводы. Наш интегративный многокогортный анализ позволил выявить ключевые гены и механистические пути, лежащие в основе ПКC, особенно взаимодействие нейтрофилов, нейтрофильных внеклеточных ловушек (NET) и коагуляции, а также сигнальные пути IL-8/JUN. Полученные данные предлагают потенциальные объекты для дальнейши механистических исследований и разработки методов терапии.

Авторы:

Издание: Вестник последипломного медицинского образования
Год издания: 2025
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2025.-N 3.-С.35-41. Библ. 8 назв.
Просмотров: 0