Анализ генов антифаговых систем нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae 01 биовара Эль Тор

Аннотация:

Наличие и структура антифаговых систем, способствующих устойчивости холерных вибрионов к литическим фагам, у нетоксигенных штаммов Vibrio cholerae 01 биовара El Тог, выделенных на территории России и сопредельных стран, не изучена. Цель — выявление и анализ антифаговых систем нетоксигенных штаммов V. cholerae 01 биовара El Тог. Материалы и методы. В работе использовали 126 нетоксигенных (ctxAB-tcpA* и ctxAB-tcpA-) штаммов V. cholerae О1 EI Тог, изолированных с 1972 по 2018 г. Секвенирование ДНК проводили на платформе MGI DNBSEQ-G50. Для биоинформатического анализа применяли программы fastp v. 0.23, unicycler v. 0.4.7, Blast 2.16.0, MEGAX, CRISPRCastyper и CRISPRCasFinder. Результаты. В геноме изученных штаммов не выявлены фагоиндуцируемые острова PLE, BREX и DISARM-системы. Установлено, что 80% ctxАВ-tсрА*-штаммов содержат систему рестрикции-модификации I типа, у ctxAB-tcpA-изолятов данная система не обнаружена. Гены CBASS-системы выявлены у единичных штаммов обеих групп. В геноме 35(32%) изученных ctxАВ-tсрА--штаммов, выделенных в разных регионах РФ и сопредельных странах, установлено наличие CRISPR-Cas-системы 1-го класса типов I (подтипы l-E, l-F, I-C) и III (подтип III-В). Количество спенсеров в данной системе варьировало от 0 до 80, их последовательность была гомологична протоспейсерным участкам ДНК литических и умеренных фагов, транспозонов, плазмид V. cholerae представителей рода Vibrio и неродственных бактерий. Наличие у ряда штаммов спейсеров, гомологичных генетическому материалу фага, циркулирующему на эндемичных территориях, может указывать на завозной характер данных штаммов. Заключение. Выявлена гетерогенность изученных нетоксигенных штаммов V. cholerae 01 El Тог по наличию антифаговых систем, что расширяет сведения об их генетической организации. В их геноме выявлены системы рестрикции-модификации I типа (ctxABtcpA*), CBASS ctxABtcpA* и ctxAB-tcpA-) и CRISPR-Cas 1-го класса типов I (подтипы l-E, l-F, I-C) и III (ctxAB-tcpA-). Выявление нескольких типов и подтипов CRISPR-Cas-системы в геноме ряда ctxАВТсрА--штаммов может указывать на её неоднократное приобретение посредством горизонтального переноса.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2025
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2025.-N 4.-С.456-464. Библ. 23 назв.
Просмотров: 1