СРАВНЕНИЕ БИОИНФОРМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ И БАЗ ДАННЫХ ДЛЯ МЕТАБАРКОДИНГА СТАРТОВЫХ КУЛЬТУР Lactobacillus

Аннотация:

Методы секвенирования нового поколения позволяют полностью выявлять качественный состав микробиоты в ферментированных продуктах, таких как йогурты и кефиры. Однако для правильных методических рекомендаций по применению высокопроизводительного секвенирования для анализа продуктов необходимо выяснить оптимальное сочетание биоинформатического программного обеспечения и базы данных. Цель данного исследования — определить состав микробиоты ферментированных молочных продуктов с помощью высокопроизводительного секвенирования и проанализировать, как выбор программы влияет на полученные данные. Было отсеквенировано 7 образцов метагеномов ферментированных молочных продуктов с целью сопоставления состава и выявления основных компонентов. Чтения, полученные в результате секвенирования участка гена 16S рРНК 7 образцов ферментированных молочных продуктов, были проанализированы с помощью BLASTN по базе данных 16S Microbial NCBI, а также MEGAN и MG-RAST. Также были проанализированы смеси сгенерированных псевдопрочтений, которые состояли из видов Lactococcus lactis, Levilactobacillus brevis, Lactobacillus kefiri и Leuconostoc mesen-teroides. Используемые биоинформатические средства отличаются по степени применимости в зависимости от допустимого уровня ошибок. BLASTN без биннинга позволяет определять до вида образцы, которые MEGAN и MG-RAST определяют только до рода, но вместе с этим допускает больше ложноположительных ошибок при использовании разных баз данных с неверно определенными референсными последовательностями. Таким образом, дальнейшее определение бактериального состава кисломолочных продуктов требует создания курируемой базы данных для верного определения до уровня вида.

Авторы:

Издание: Успехи современной биологии
Год издания: 2025
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2025.-N 3.-С.230-238. Библ. 40 назв.
Просмотров: 1