Анализ соответствий сигнатуры генов интерферона и экспрессии раково-тестикулярных генов у больных меланомой кожи

Аннотация:

В настоящее время не существует однозначно установленного молекулярного биомаркера для прогнозирования ответа на иммунотерапию у пациентов с меланомой кожи. Изучаются несколько потенциальных биомаркеров, включая сигнатуры генов интерферона (ISG) и экспрессию раково-тестикулярных антигенов (СТА). Цель. Исследование для оценки взаимодействия между ISG и паттернами СТА у пациентов с меланомой кожи. Материалы и методы. В работе использованы нормализованные данные полногеномного секвенирования, включающие уровни экспрессии 43 000 генов у 457 пациентов с кожной меланомой из открытых источников набора данных Калифорнийского университета в Санта-Крузе (UCSC). Для анализа были выбраны раково-тестикулярные антигены СТА (п=186) и интерферон-стимулированные гены ISG (п=66); последние представлены как в полной, так и в сокращенной версии. Агломеративная кластеризация генов с использованием метода Уорда была выполнена отдельно для каждого набора генов. Статистический анализ взаимосвязей между кластерами включал следующие методы: критерий Хи2 Пирсона, коэффициент лямбда, коэффициент контингенции, коэффициент фи, т Гудмана — Краскела, коэффициент неопределенности и анализ пропорций в столбцах. Результаты. В полном и кратком наборах 1SG обнаружено четыре кластера (два кластера генов с высокой и два кластера с низкой экспрессией), которые были сильно коррелированы (ламбда 0,666, р<0,0001). На первом уровне кластеризации найдено шесть кластеров СТА (два с высокой, два со средней и два с низкой экспрессией генов), на третьем уровне — десять кластеров. Кластеры ISG и СТА не были связаны при сравнении на первом уровне кластеризации (р>0,1). Сравнение третьего уровня кластеров СТА с краткой 1SG показало слабую ассоциацию между двумя параметрами (симметричный коэффициент неопределенности 0,031, р=0,003). Только два кластера СТА третьего уровня показали связь с ISG: один — с минимальной экспрессией СТА и высокой ISG, второй — с высокой экспрессией СТА и низкой ISG. Выводы. Результаты исследования подтвердили наши предыдущие находки относительно профиля экспрессии СТА. Большинство кластеров не имели отношения к ISG. Необходимы дальнейшие исследования для понимания возможной роли паттернов экспрессии СТА и 1SG в качестве прогностических и предиктивных факторов для иммунотерапии.

Авторы:

Издание: Вопросы онкологии
Год издания: 2025
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2025.-N 4.-С.789-798. Библ. 1 назв.
Просмотров: 1