Критерии оценки качества геномов Pseudomonas aeruginosa

Аннотация:

Введение. C развитием технологий секвенирования растёт объём геномных данных, что требует разработки показателей для оценки качества сборок геномов. Современные инструменты (Plantagora, SQUAT, QUAST, BUSCO, CheckM2 и др.) являются унифицированными, но при этом не учитывают особенностей организации генома конкретных видов. Особенно остро стоит вопрос импортозамещения биоинформационных инструментов в условиях ограниченного доступа к зарубежным технологиям. Кроме того, отсутствуют специализированные методы оценки качества сборок генома Pseudomonas aeruginosa, что ограничивается общими метриками (N50, количество контигов). Цель работы — разработка алгоритма и критериев на основе комплексного подхода для специфической оценки качества полногеномного секвенирования представителей вида R aeruginosa. Материалы и методы. Исследование проводили на 108 штаммах P. aeruginosa. Авторское программное обеспечение разработано на языках Java и Python. Результаты. Разработан алгоритм оценки качества полногеномных данных P. aeruginosa на основе анализа ключевых генов жизнеобеспечения (fur, algU, dinB и др.), размера генома, GC-состава и показателя N50. Геномы с отсутствием ключевых генов или структурными ошибками классифицируются как плохие или средние, последние не рекомендуются для филогенетического анализа. Алгоритм предлагает простые и понятные параметры оценки качества полногеномных данных. Заключение. Ha основе анализа генов жизнеобеспечения, размера генома, GC-состава и показателя N50 нами разработана классификация качества сборок геномов P. aeruginosa (хорошее, среднее, низкое). Созданы алгоритм и программа "Genomes Validator" для оперативной оценки.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2025
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2025.-N 5.-С.583-591. Библ. 37 назв.
Просмотров: 1