Совершенствование схемы MLVA-типирования штаммов Burkholderia mallei

Аннотация:

Введение. Регистрация на территории России отдельных случаев сапа у лошадей, возбудителем которого является Burkholderia mallei, определяет важность разработки алгоритмов генотипирования этого патогена. Перспективным остается метод MLVA (multilocus-variable tandem repeat analysis), основанный на сравнительном анализе количества вариабельных тандемных повторов (VNTR — variable number tandem repeats). По мере увеличения числа полногеномных последовательностей в международных базах данных изменяется информативная ценность VNTR-локусов, что требует пересмотра существующих схем типирования. Цель работы — оценить перспективность включения VNTR-локуса BPSS1974*1 в схему MLVA-6 для внутривидовой дифференциации В. mallei. Материалы и методы. Исследование 64 штаммов В. mallei проводили in silico и in vitro с помощью методов MLVA1 амплификации дифференцирующих регионов, полногеномного секвенирования и биоинформатического анализа. Результаты. Генотипирование В. mallei при использовании схемы MLVA-6 не позволило определить in silico VNTR-профили 13 штаммов из базы данных GenBank NCBI по одному или нескольким локусам ввиду низкого покрытия ридами соответствующих областей генома или их полного отсутствия (нуль-аллели). Эффективное число аллелей (ne) и индекс полиморфного информационного содержания (PIC) для локусов схемы MLVA-6 варьировали в диапазонах 3,842-8,103 и 0,740-0,877 соответственно. Перспективность включения в эту схему VNTR-локуса BPSS1974* определена на основе молекулярной стабильности мотива в его составе и высоких показателей ne и PIC, составивших 4,299 и 0,767 соответственно. VNTR-профили коллекционных штаммов по локусу BPSS1974 были идентичны соответствующим штаммам из базы данных GenBank. Результаты кластерного анализа при сочетанном использовании схемы MLVA-6 и локуса BPSS1974 соответствовали филогенетическим реконструкциям, полученным с использованием других молекулярно-генетических методов. Заключение. VNTR-локус BPSS1974*' можно расценивать как маркер, включение которого в схему MLVA-6 позволит повысить точность генотипирования и установления регионов происхождения вновь выделенных штаммов В. mallei.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2025
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2025.-N 5.-С.615-625. Библ. 26 назв.
Просмотров: 1