СТРУКТУРНО-ЭНЕРГЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ СОЕДИНЕНИЙ ГМЛ-1 И ГМЛ-3 C 18кДа ТРАНСЛОКАТОРНЫМ БЕЛКОМ МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ

Аннотация:

Транслокаторный белок массой 18 кДа (TSPO) является ключевым объектом исследований, направленных на понимание механизмов нейровоспаления и стресс-ассоциированных нарушений. Лиганды TSPO демонстрируют значительный терапевтический потенциал, включая анксиолитическое, антидепрессивное и нейропротекторное действие, что делает их перспективными для разработки новых лекарственных средств. Однако механизмы взаимодействия TSPO с различными лигандами требуют более детального изучения с использованием современных методов молекулярной динамики. C использованием последних в работе проведено исследование молекулярных взаимодействий белка TSPO (PDB ID: 2MGY) с его перспективными лигандами ГМЛ-1 и ГМЛ-3, в том числе в сравнительном аспекте с известными лигандами TSPO — РК-Ш95, Ro5-4864 и этифокси-ном. Исследование проводилось с использованием программного пакета Schrodinger (версия 2024-2). Анализ включал оценку параметров RMSD, RMSF, свободной энергии связывания (?G), гидрофобных взаимодействий, водородных связей и других типов молекулярных контактов. Лиганды ГМЛ-1 и ГМЛ-3 продемонстрировали высокую структурную стабильность в комплексе с белком TSPO (RMSD: 1-3 А) и благоприятные значения свободной энергии связывания (?G ? -69,74 и -67,68 ккал/моль соответственно), сопоставимые с показателями для РК-11195 и этифоксина. Анализ взаимодействий показал, что ГМЛ-1 и ГМЛ-3 формируют устойчивые гидрофобные контакты и водородные связи с ключевыми аминокислотными остатками белка TSPO, такими как TRP_107, LEU_49 и VAL_26, которые играют важную роль в стабилизации комплекса. B сравнении с известными лигандами, ГМЛ-1 и ГМЛ-3 обеспечивают аналогичную структурную стабильность и энергетику связывания, демонстрируя при этом высокую устойчивость комплекса в молекулярной динамике. Такие свойства делают их перспективными объектами для дальнейших исследований и разработки препаратов, модулирующих активность TSPO.

Авторы:

Издание: Химико-фармацевтический журнал
Год издания: 2025
Объем: 13с.
Дополнительная информация: 2025.-N 11.-С.3-15. Библ. 26 назв.
Просмотров: 2