АП-САЙТ HE ВНОСИТ СУЩЕСТВЕННЫХ ИСКАЖЕНИЙ B СТРУКТУРУ ДНК B СОСТАВЕ НУКЛЕОСОМЫ in vitro

Аннотация:

Геном живых организмов постоянно подвергается воздействию повреждающих факторов, что приводит к активации систем репарации ДНК. B литературе представлено много данных о взаимодействии белков репарации ДНК с соответствующими повреждениями в составе модельных ДНК-дуплексов. Известно, что особенности геометрических параметров являются критическим фактором при распознавании повреждений ДНК. B некоторых работах показано, что важным фактором в распознавании апуринового/апирими-динового сайта (АП-сайта) является характерное искажение геометрии спирали ДНК. Следует учитывать, что в живой клетке ДНК преимущественно представлена нуклеопротеидным комплексом - хроматином, базовой струк турной единицей которого является нуклеосома. B общем случае ДНК в составе нуклеосомы характеризуется меньшей доступностью для ДНК-связы-вающих белков в силу стерических ограничений и высокой прочности комплекса ДНК с гистонами. Разные участки ДНК-дуплекса в составе нуклеосомы также характеризуются различной степенью доступности для взаимодействия с ДНК-связываю-щими белками. Кроме того, следует отметить неэквивалентность нуклеотидов в зависимости от пространственной ориентации относительно гистонового ядра. Нуклеотиды, расположенные ближе к гистонам, характеризуются меньшей доступностью, их определяют как in-ориентированные. Соответственно, нуклеотиды, расположенные на внешней поверхности нуклеосомы, out-ориентированные нуклеотиды, являются более доступными для взаимодействия. Ряд работ посвящён исследованию взаимодействия белков репарации с повреждениями ДНК в составе нуклеосомы . Апуриновый/апиримидиновый (АП) сайт -один из наиболее часто встречающихся типов повреждений ДНК, возникающий вследствие спонтанной апуринизации. Повреждения ДНК приводят к искажению структуры В-формы её двойной спирали. Узнавание подобного искажения белками репарации ДНК является важным этапом инициации этого процесса. Структура нуклеосомы накладывает ограничения на мобильность и пластичность геометрии ДНК в своём составе. При изучении взаимодействий репарационных белков с ДНК в составе нуклеосомы основной вопрос заключается в реализации структуры ДНК, характерной для самого повреждения в конкретном контексте. Кроме того, ДНК-дуплекс в составе нуклеосомы имеет регулярный профиль контактов с гистонами, соответствующий шагу спирали ДНК. По изменению этого профиля можно судить об изменениях структуры ДНК. Этот профиль коррелирует с доступностью соответствующих нуклеотидов для взаимодействия с ДНК-связывающими белками. B нашей работе методом футпринтинга было показано, что наличие апуринового/апиримидинового сайта в пределах второго-третьего витка спирали от 5'-конца в составе нуклеосомной ДНК не оказывает существенного влияния на профиль контактов ДНК с гистонами.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2025
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2025.-N 8.-С.1219-1228. Библ. 18 назв.
Просмотров: 0