Выявление устойчивых к макролидам Mycoplasma pneumoniae с помощью быстрых молекулярно-генетических методов: разработка и валидация диагностического ПЦР-теста

Аннотация:

Цель. Разработать и провести первый этап валидации ПЦР-теста для выявления ключевых мутаций в V домене гена 23S рРНК М. pneumoniae (A2058G, A2059G, А2062С), позволяющего определять мутации, опосредующие устойчивость к макролидам у М. pneumoniae в образцах нативного биоматериала. В исследование включена панель образцов ДНК М. pneumoniae (n = 107) из коллекции многоцентрового исследования DeMaRes (https://amrcloud.net/ru/project/demares/), а также использован нативный биоматериал (n = 52): орофарингеальные мазки (n = 45), трахеальный аспират (n = 4) и бронхоальвеолярный лаваж (n = 3), полученный за период с марта по апрель 2025 г. из ГБУЗ «ДГКБ N° 9 им. Г.Н. Сперанского». Выделение нуклеиновых кислот из нативного биоматериала проводили с помощью набора «РИБО-преп». Характер мутаций в гене 23S рРНК М pneumoniae предварительно определяли посредством секвенирования по Сэнгеру, который использовали в качестве референсного метода. Концентрацию контрольных плазмид, необходимых для оценки аналитической чувствительности созданного теста, определяли с помощью метода цифровой капельной ПЦР. В результате разработанный ПЦР-тест успешно прошел первый этап валидации, продемонстрировав возможность надежного выявления ключевых мутаций в V домене гена 23S рРНК М. pneumoniae при анализе различных типов биологического материала, включая орофарингеальные мазки, мокроту, трахеальный аспират и бронхоальвеолярный лаваж. Полученные результаты подтверждают способность теста идентифицировать макролидорезистентные штаммы ЛИ. pneumoniae непосредственно в клинических образцах, продемонстрировав 1 00% диагностическую чувствительность и диагностическую специфичность в выявлении ДНК М. pneumoniae и основных мутаций A2058G, A2059G и А2062С, детерминирующих устойчивость к макролидам. Аналитическая чувствительность для всех мишеней составила 1 х 103 копий/мл. Среди мутаций, выявленных в образцах, содержащих М. pneumoniae, преобладала мутация A2058G - 29,1%, тогда как остальные мутации были идентифицированы в 7% случаев. Результаты полностью соответствовали данным секвенирования участка 23S рРНК по методу Сэнгера. Выводы. Разработанный ПЦР-тест позволяет выявлять возбудителя и маркеры резистентности ЛИ. pneumoniae к макролидам непосредственно в биологическом материале. Результаты первого этапа валидации теста указывают на его высокие диагностические характеристики и позволяют ожидать, что он будет успешно применяться в лабораторной диагностике. Набор реагентов для выполнения данного ПЦР-теста «АмплиТесАЛЛ. pneumoniae/MRMP» на момент подготовки публикации проходит регистрацию в качестве медицинского изделия для использования в диагностике in vitro в России.

Авторы:

Издание: Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия
Год издания: 2025
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2025.-N 3.-С.417-424. Библ. 21 назв.
Просмотров: 0