Исследование контрольных материалов ФСВОК, предназначенных для ПЦР-диагностики, в оценке качества выявляемости бактерий методом NGS секвенирования гена 16S рРНК

Аннотация:

Цель. Оценка качества выявляемости бактерий Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp. методом секвенирования гена 16S рРНК с использованием аккредитованных контрольных материалов, предназначенных для проведения внешнего контроля качества ПЦР-исследований. Контрольные материалы, полученные в рамках прохождения программы МСИ «ФСВОК»: «Выявление ДНК Mycoplasma hominis, Ureaplasma species, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum ПЦР (ИППП)», были проанализированы методом секвенирования гена 1 6S рРНК на приборе Illumina MiSeq. Контрольные наборы образцов были представлены лиофилизированными растворами геномной ДНК М. hominis, U. urealyticum, U. parvum в заданных концентрациях и геномной ДНК человека в концентрации не менее 2 х 105 копий/мл в двух циклах (август и октябрь 2024 г.). В результате нами было проанализировано 16 контрольных образцов, которые были получили в двух циклах МСИ. Анализ контрольных материалов, представленных в программе МСИ «ФСВОК», методом секвенирования гена 16S рРНК позволил точно произвести качественную оценку наличия и отсутствия условно-патогенных микроорганизмов, таких как М. hominis, Ureaplasma spp. Ограничением метода является затрудненная видовая идентификация Ureaplasma parvum/ urealyticum из-за сходства в нуклеотидной последовательности в V3-V4 региона 1 6S рРНК. Несмотря на очень высокую чувствительность метода и выявление других микроорганизмов в крайне низких значениях (< 0,1%), отрицательный контрольный образец, не содержащий искомых бактериальных маркеров, в двух циклах программы не выявил М. hominis, Ureaplasma spp., что говорит об отсутствии контаминации на всех этапах лабораторного исследования, производства ОПК и хранения и рассылки организатором МСИ, а также отсутствии ложноположительных результатов в рамках применения метода секвенирования гена 16S рРНК. Выводы. Данный метод исследования позволил достоверно определить ДНК М. hominis, Ureaplasma spp., U. urealyticum, U. parvum и остальных микроорганизмов в контрольных образцах, которые могут иметь клиническую значимость при оценке микробиоценоза влагалища, что является преимуществом по сравнению с ПЦР-методом, предназначенным для выявления конкретных представителей.

Авторы:

Издание: Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия
Год издания: 2025
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2025.-N 4.-С.516-523. Библ. 6 назв.
Просмотров: 0