Анализ инделов без сдвига рамки считывания в белках, ассоциированных с сердечно-сосудистыми заболеваниями

Аннотация:

Цель. Описание распространенности и локализации, а также патогенности и пенетрантности инделов без сдвига рамки считывания в клинически значимых генах, ассоциированных с сердечно-сосудистыми заболеваниями (ССЗ). Использовались базы данных ClinVar, dbSNP, а также результаты секвенирования образцов из различных российских когорт. Аннотация вариантов генома проводилась с помощью программы ENSEMBL VEP. В результате отобраны 42 гена, ассоциированные с 22 ССЗ, проанализированы описанные в базе ClinVar инделы в генах из этой выборки. Наблюдается большой разброс числа инделов в этих генах и их распределения по типам клинической значимости. Инделы значительно менее распространены, но при этом более патогенны, чем несинонимичные варианты (миссенсы). В случае кардиомиопатий, миопатий и сосудистых заболеваний инделы, как каузальные варианты, наиболее редки, а в случае аритмий и гиперхолестеринемии, напротив, встречаются чаще. Показано, что патогенные инделы редко наблюдаются в повторах последовательности или в участках низкой сложности, а доброкачественные инделы реже попадают в участки последовательности, аннотированные как функциональные домены Pfam. На основе анализа >6800 секвенированных образцов из различных российских когорт был сделан вывод о достаточно высокой пенетрантности исследованных патогенных инделов, описаны потенциально специфичные для российской популяции примеры патогенных инделов. Заключение. Впервые систематически описаны свойства определенного типа вариантов генома - инделов без сдвига рамки считывания — в ключевых генах ССЗ. Полученные результаты подчеркивают клиническую важность инделов в белках с точки зрения их каузальности и пенетрантности, несмотря на их меньшую распространенность по сравнению с несинонимичными вариантами.

Авторы:

Издание: Кардиоваскулярная терапия и профилактика
Год издания: 2025
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2025.-N 12.-С.64-74. Библ. 34 назв.
Просмотров: 1