СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ДАННЫХ РНК-ХРОМАТИНОВОГО ИНТЕРАКТОМА: РАЗРЕШЕНИЕ, ПОЛНОТА И СПЕЦИФИЧНОСТЬ ДАННЫХ

Аннотация:

Для исследования взаимодействий РНК с хроматином применяются два типа экспериментов -поиск интерактома индивидуальных РНК («один-против-всех», «опе-to-all» или ОТА) и полногеномный поиск контактов всех РНК («все-против-всех», «all-to-all» или АТА). Сравнительный анализ данных АТА и ОТА выявил их фундаментальные различия в разрешении, полноте и специфичности. Данные ОТА обладают высоким разрешением (~1000 п.н.) и воспроизводимостью (>90%), служа «золотым стандартом». Данные АТА имеют более низкое разрешение (~5000 п.н.), а их воспроизводимость (<10%) критически зависит от протокола, показывая преимущество двухэтапной фиксации дисукцинимидилглутаратом и формальдегидом (GRID-seq) перед одним формальдегидом. Введенный «хроматиновый потенциал» и фильтрация по пикам BaRDIC эффективно выделяют специфический сигнал. Работа предлагает стратегию для достоверного анализа интерактома: комбинировать отбор РНК по хроматиновому потенциалу с использованием конкордатных контактов из пиков.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2025
Объем: 14с.
Дополнительная информация: 2025.-N 11.-С.1816-1829. Библ. 32 назв.
Просмотров: 0