Орнитогенные экосистемы высокоширотной Арктики в качестве источников вирулентных бактериофагов

Аннотация:

Изучение разнообразия бактериофагов в дикой природе, включая территории, незатронутые человеческой деятельностью, представляет существенный интерес с точки зрения определения стратегий поиска компонентов бактериофаговых препаратов для борьбы с актуальными инфекциями, обусловленными бактериями с множественной лекарственной устойчивостью. Цель исследования. Описать структуру и особенности виромов, ассоциированных с колониями морских птиц на островах Баренцева моря, в качестве потенциального источника вирулентных бактериофагов для фаготерапии инфекционных заболеваний человека и животных. В ходе исследования проведён метагеномный анализ образцов почв, сформировавшихся в колониях птиц на острове Северный архипелага Новая Земля и острове Западный Нортбрук архипелага Земля Франца-Иосифа, а также эксперименты по выделению бактериофагов Escherichia coli из этих образцов. Метагеномное секвенирование проводилось на секвенаторе DNBSEQ-G400 с длиной парноконцевых прочтений 150 п. н. Биоинформационный анализ включал в себя сборку сырых ридов в контиги с использованием MEGAHITv. 1.2.9 и их классификацию при помощи Kraken2 с использованием Refseq базы данных вирусных последовательностей. Выделение бактериофагов проводилось с использованием метода накопления на культурах Escherichia coli flora2c и ОО17. Геномы двух выделенных бактериофагов были секвенированы и проведён филогенетический анализ их последовательностей с использованием программы parsnp. В результате в структуре метавиромов доминируют последовательности хвостатых фагов класса Caudoviricetes, составляя до 78,45% от общего числа последовательностей, классифицированных в качестве вирусных. Анализ метавиромных данных продемонстрировал значительное разнообразие бактериофагов класса Caudoviricetes, включая семейства Straboviridae и Shitoviridae, рода Baikalvirus, Phitrevirus, представители которых могут быть использованы для фаговой терапии. Из образцов орнитогенных почв выделены два вирулентных бактериофага Escherichia coli. По результатам филогеномного анализа один из них представляет известный вид рода Justusliebigvirus, а второй может быть классифицирован как новый вид рода Kagunavirus. Заключение. Результаты настоящего исследования свидетельствуют о значительном биологическом разнообразий вирулентных бактериофагов в составе микробиомов, связанных с колониями морских арктических птиц, и подтверждают перспективность поиска новых бактериофагов, применимых для фаготерапии, в орнитогенных субстратах побережий арктических островов.

Авторы:

Издание: Антибиотики и химиотерапия
Год издания: 2026
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2026.-N 1-2.-С.25-34. Библ. 29 назв.
Просмотров: 2