Роль областей генома, кодирующих неструктурные белки вируса иммунодефицита человека 1-го типа, в определении его генетического варианта

Аннотация:

Введение. B настоящее время инфекция вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) остаётся глобальной проблемой общественного здравоохранения. Одним из ключевых элементов в системе мероприятий, направленных на контроль над ВИЧ-инфекцией, является молекулярно-генетический мониторинг, позволяющий определить генетические варианты ВИЧ-1. Полученные данные позволяют решать ряд задач в области практической эпидемиологии, а также имеют фундаментальное значение, расширяя представления о механизмах, лежащих в основе изменчивости вируса. Чаще всего генетический вариант ВИЧ-1 определяют при анализе области гена pol. Однако в настоящее время осуществляют ряд исследований, направленных на изучение других участков генома ВИЧ-1, например генов, кодирующих его неструктурные белки. Цель работы — оценка роли областей генома, кодирующих неструктурные белки ВИЧ-1, в определении его генетического варианта, в частности, у вирусов, циркулирующих на территории России. Материалы и методы. Ha первом этапе исследования был проведён анализ геномных карт референсных штаммов циркулирующих рекомбинантных форм ВИЧ-1. Ha втором этапе — анализ нуклеотидных последовательностей ВИЧ-1, полученных от ВИЧ-инфицированных пациентов ГБУЗ MO «Центр профилактики и борьбы со СПИД». Дизайн исследования включал этапы: сбор биообразцов, экстракция прови-русной ДНК, амплификация необходимых областей генома, секвенирование, определение генетических вариантов ВИЧ-1 (филогенетический анализ), анализ полученных данных. Сравнение частот встречаемости точек рекомбинации в разных областях генома проводили с использованием критерия Манна-Уитни с поправкой на множественность Бонферрони и ?2 с поправкой на множественность Бенджамини-Хохберга. Результаты. Среди областей генома ВИЧ-1, кодирующих его структурные белки, наиболее часто точки рекомбинации встречались в гене pol (RT) (p < 0,001/0,002); среди областей, кодирующих неструктурные белки, — в nef(p < 0,001/0,007/0,018). При этом генетический вариант в области гена nef чаще (в 38% случаев) оказывал влияние на итоговый генетический вариант ВИЧ-1 при оценке на случайной выборке пациентов. Заключение. Определены области генома ВИЧ-1 с высокой частотой встречаемости точек рекомбинации. Ключевые слова: вирус иммунодефицита человека 1-го типа; рекомбинация; точки рекомбинации; рекомбинантные формы; структурные белки ВИЧ-1; неструктурные белки ВИЧ-1

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2026
Объем: 13с.
Дополнительная информация: 2026.-N 1.-С.66-78. Библ. 30 назв.
Просмотров: 6