МУЛЬТИЛОКУСНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ - НОВЫЙ МЕТОД ГЕНОТИПИРОВАНИЯ БАКТЕРИЙ И ПЕРВЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ЕГО ПРИМЕНЕНИЯ

Аннотация:

Внутривидовая сравнительная характеризация штаммов бактерий (молекулярное типирование) одна из ключевых задач микробиологии и эпидемиологии. Результаты типирования патогенных микроорганизмов, полученные в разных лабораториях традиционными, в том числе молекулярными, методами, с трудом поддаются сопоставлению, поскольку сами методы в принципе недостаточно стандартизуемы. В 1998 г. Maiden et al. предложили метод мультилокусного секвенирования-типирования (МЛСТ, MLST), в котором аллели нескольких генов, отвечающих за внутриклеточный метаболизм, определяются путем прямого секвенирования их нуклеотидных последовательностей, при этом каждая уникальная комбинация аллелей определяет сиквенс-тип штамма. Преимущества данного подхода заключаются в следующем: 1) в возможности генотипировать патоген без его культивирования, путем непосредственной амплификации фрагментов генов из биологических образцов; 2) в том, что, поскольку данные секвенирования однозначны и легко представимы в стандартной форме, становится возможным определение генотипа бактериального патогена (или другого возбудителя заболевания) с помощью сети Интернет (веб-сайта, содержащего постоянно растущую всемирную базу данных по каждому виду бактерий). К настоящему моменту разработаны методики МЛСТ-типирования видов Neisseria meningitidis. Streptococcus pneumoniae и Helicobacter pylori, методики МЛСТ для видов Streptococcus pyogenes, Staphylococcus aureus и Haemophilus influenzae активно разрабатываются. В данном обзоре кратко рассмотрены основные принципы МЛСТ, а также полученные с помощью этого метода первые результаты: исследование распространения и микроэволюции клонов N. meningitidis, вызывающих эпидемии менингококковой инфекции; оценка относительной частоты рекомбинаций и мутаций генома N. meningitidis; идентификация антибиотикорезистентных клонов S. pneumoniae, ответственных за тяжелые генерализованные заболевания; выделение подгрупп среди штаммов Н. pylori, изолированных в различных регионах земного шара, и др.

Авторы:

Издание: Генетика
Год издания: 2000
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2000.-N 5.-С.597-605
Просмотров: 695