КОМПЬЮТЕРНЫЙ АНАЛИЗ РЕГУЛЯТОРНЫХ СИГНАЛОВ В БАКТЕРИАЛЬНЫХ ГЕНОМАХ. АТТЕНЮАТОРЫ ОПЕРОНОВ МЕТАБОЛИЗМА АРОМАТИЧЕСКИХ АМИНОКИСЛОТ

Аннотация:

Предсказаны аттенюаторы оперона метаболизма ароматических аминокислот гамма-подкласса протео бактерий: Salmonella typhi, Yersinia pestis, Vibrio cholerae, Haemophilus influenzae, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Xanthomonas campestris, а также хламидии Chlamydia trachomatis. Построены альтернативные вторичные структуры мРНК, определяющие выбор пути транскрипции, а также связанный с ними регуляторный лидерный пептид. Для предсказания использовано сравнение с гомологичными оперонами Escherichia coli. Показано, что этот регуляторный механизм имеет место в оперонах trp (триптофановом), phe (фенилаланиновом), а также в опероне pheST, кодирующем большую и малую субъединицы фенилаланин-тРНК-синтетазы у рассмотренных нами гамма-протеобактерий. Предсказаны вторичные структуры мРНК ряда энтеробактерий, кодируемые лидерной областью tnaAB оперона и гипотетически играющие роль в бета-зависимой аттенюации. Аттенюация транскрипции - важный механизм регуляции экспрессии генов, широко распространенный у различных бактерий. В регуляторный процесс вовлечены как нуклеотидная последовательность, так и вторичная структура мРНК. Аттенюация транскрипции позволяет клетке реагировать на изменение концентрации веществ, участвующих в жизненно важных циклах метаболизма клетки. Например, в случае оперонов метаболизма аминокислот у гамма-подкласса протеобактерий аттенюация реагирует на изменение концентрации аминокислот. Регуляторная структура в мРНК может направлять транскрибирующую молекулу РНК-полимеразы либо к паузе во время элонгации, либо к преждевременной терминации транскрипции, либо к прохождению через потенциально терминирующую последовательность. РНК, кроме того, может иметь сайты связывания с регуляторными факторами, вовлекаемыми в вышеупомянутые события. Особенностью аттенюации транскрипции является наличие альтернативных вторичных структур мРНК, и то, что она проходит во многих случаях без участия регуляторного белка.

Авторы:

Издание: Молекулярная биология
Год издания: 2000
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2000.-N 4.-С.545-552
Просмотров: 66