MIR - СЕМЕЙСТВО ПОВТОРОВ, ОБЩЕЕ ДЛЯ ГЕНОМОВ ПОЗВОНОЧНЫХ

Аннотация:

Исследована распространенность перемежающихся повторов млекопитающих (MIR - Mammalian Interspersed Repeats) в ДНК и РНК из геномов позвоночных, беспозвоночных и бактерий, представленных в банке данных "GENBANK". Разработан алгоритм для поиска следов расселения MIR, основанный на использовании весовой позиционной матрицы при нахождении оптимального выравнивания методами динамического программирования. Это позволило проводить поиск сильно дивергировавших MIR при наличии делеций и вставок. Показано присутствие MIR в геномах различных рыб, в том числе и кистеперых. Это может свидетельствовать о временах существования MIR больших, чем 400 миллионов лет. Метод поиска подобия между сильно дивергировавшими последовательностями может быть использован для обнаружения последовательностей, принадлежащих к различным древним семействам повторов и к различным семействам генов. Изучение MIR важно для понимания эволюции геномов млекопитающих и позвоночных и позволит воссоздать картину эволюции многих геномов. Разработанные алгоритмы могут быть также использованы для выявления и изучения любых сильно дивергировавших семейств как генов, так и любых других последовательностей.

Авторы:

Издание: Молекулярная биология
Год издания: 2000
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2000.-N 4.-С.553-559
Просмотров: 26