КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ТРЕХМЕРНОЙ СТРУКТУРЫ ПОЛНОРАЗМЕРНОГО ЦИТОХРОМА B5

Аннотация:

Произведена компьютерная реконструкция трехмерной структуры полноразмерного цитохрома b5. Работа выполнена с использованием программного комплекса Sybyl 6.4 фирмы Tripos, работающего на графической станции Silicon Graphics Indigo2 (R4400, XZ). Реконструкция осуществлена путем компьютерного моделирования мембранной части цитохрома в5 с последующим соединением ее со структурой известной водорастворимой части b5 (фрагмент с 5 по 91 аминокислотный остаток - файл ЗВ5С в белковом банке данных PDB). Полученная структура полноразмерного цитохрома b5 была оптимизирована в бинарной системе полярного и неполярного растворителей методами молекулярной динамики и детерминированной минимизации. Молекулярная динамика была выполнена в боксе с периодически граничными условиями с шагом в 1 фс в течение 550 пс при постоянном числе частиц, давлении и температуре. Бокс содержал бинарную систему растворителей. Равновесие системы было достигнуто после 400 пс.

Авторы:

Издание: Вопросы медицинской химии
Год издания: 2000
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2000.-N 6.-С.615-625
Просмотров: 38